Este es un archivo llamado htaccess.txt por defecto, el cual trae las directivas necesarias para utilizar las urls con redirección para hacerlas de cierta forma dinámicas para optimizar su funcionamiento con las maquinas de búsqueda para un buen filtrado de SEO.
Lo que tu mencionas primeramente es una condicional que si existe el modulo entonces aplique esas directivas, las cuales debes dejarlas, para que MyBB haga su trabajo por si mismo como script base de esta parte, además sólo cogera los datos de los directorios aledaños a donde sea alojado el archivo ya renombrado como .htaccess.
Finalmente las redirecciones son asi establecidas tanto en el archivo init.php como en el functions.php y por ende en el htacess, de echo yo hice un manual en mi sitio sobre la función de esto y que simplemente el mod rewrite pos si mismo hace su trabajo cogiendo los datos de tu archivo htaccess en conjunto con el function.php y el archivo init.php en cuanto a las redirecciones, para que en lugar de poner en el navegador como menciona
.m. una dirección, ponga una mas corta y amigable en las máquinas de optimización de búsqueda de los sitios como Google, Altavista, etc.
Saludos...
